பார்மசி மற்றும் மருந்து ஆராய்ச்சி இதழ் திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

உயர்-செயல்திறன் எல்சி-எம்எஸ் தரவுக்கான உயிர் தகவல் மற்றும் புள்ளியியல் அணுகுமுறைகள்

அனெட்டா சவிகோவ்ஸ்கா

உயர்-செயல்திறன் எல்சி-எம்எஸ் தரவுக்கான விரிவான தரவு பகுப்பாய்வுகள் வழங்கப்படுகின்றன. புள்ளியியல் பகுப்பாய்வு மற்றும் பலதரப்பட்ட சோதனைகளுக்கான ஒருங்கிணைப்பு முறைகள் காட்டப்பட்டுள்ளன. வறட்சி அழுத்தத்தின் கீழ் நோய்க்கிருமி தொற்று மற்றும் பார்லி (ஹார்டியம் வல்கேர்) ஆகியவற்றிற்கு தானியங்கள் எதிர்வினை பற்றிய ஆய்வுகளிலிருந்து எடுத்துக்காட்டுகள் தரவுத் தொகுப்புகள் வருகின்றன. முதன்மை வளர்சிதை மாற்றங்கள், இரண்டாம் நிலை வளர்சிதை மாற்றங்கள் மற்றும் புரதங்கள் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டன.

R அமைப்பில் தரவு முன் செயலாக்கம், பகுப்பாய்வு மற்றும் காட்சிப்படுத்தல் செய்யப்பட்டது. ஜென்ஸ்டாட் தொகுப்பில் உள்ள நடைமுறைகளைப் பயன்படுத்தி புள்ளிவிவர பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டது. நெட்வொர்க்குகள் மூலம் ஓமிக் தரவு ஒருங்கிணைப்பு மற்றும் காட்சிப்படுத்தல் முறைகள் வழங்கப்படுகின்றன.

வெவ்வேறு நிலைமைகளின் கீழ் வளர்சிதை மாற்றங்கள் மற்றும் புரதங்களுக்கு இடையிலான உறவுகளை ஒப்பிடுவதற்கு தொடர்பு நெட்வொர்க்குகள் மற்றும் வேறுபட்ட தொடர்பு நெட்வொர்க்குகள் கட்டப்பட்டன. குணாதிசயங்கள் முனைகளால் குறிக்கப்படுகின்றன, கோடுகள் (விளிம்புகள்) பண்புகளின் ஜோடிகளுக்கு இடையிலான தொடர்புகளுக்கு ஒத்திருக்கும். தொகுதிகள் - அதிக தொடர்புள்ள குணாதிசயங்களைக் கொண்ட கொத்துகள் கண்டறியப்படுகின்றன. ஹப்ஸ், இது பல இணைப்புகளைக் கொண்ட பண்புகளாகும் (பிற பண்புகளுடன் தொடர்புகள்) குறிக்கப்படுகின்றன.

R இல் WGCNA தொகுப்பைப் பயன்படுத்தி தொடர்பு நெட்வொர்க் பகுப்பாய்வு செய்யப்பட்டது, பியர்சன் தொடர்பு மேட்ரிக்ஸ் ஒரு சக்தி செயல்பாட்டைப் பயன்படுத்தி அருகிலுள்ள அணியாக மாற்றப்பட்டது. தொகுதிகள் கிளஸ்டரிங் மூலம் கண்டறியப்பட்டன. ஃபிஷரின் இசட் மாற்றத்தின் அடிப்படையிலான சோதனையைப் பயன்படுத்தி, போன்ஃபெரோனி திருத்தத்துடன் வேறுபட்ட தொடர்பு நெட்வொர்க்குகள் உருவாக்கப்பட்டன. சைட்டோஸ்கேப்பில் நெட்வொர்க்குகளின் காட்சிப்படுத்தல் செய்யப்பட்டது.

அல்காரிதம்கள் எந்த உயர்-செயல்திறன் கொண்ட எல்சி-எம்எஸ் தரவுக்கும் மாற்றியமைக்கப்படலாம்.