நீர்வாழ் அமைப்புகளின் மாசுபாடு (எடுத்துக்காட்டுகள்: ஏரிகள், ஆறுகள், பெருங்கடல்கள், நீர்நிலைகள் மற்றும் நிலத்தடி நீர்) எதிர்மறையான முறையில் தண்ணீரை மாற்றியமைக்கும் பெரிய அளவிலான கழிவுப் பொருட்களால் நீர்வாழ் மாசுபாடு என அழைக்கப்படுகிறது. தீங்கு விளைவிக்கும் சேர்மங்களை அகற்றாமல் நேரடியாகவோ அல்லது மறைமுகமாகவோ நீர்வாழ் அமைப்புகளில் தீங்கு விளைவிக்கும் மாசுபடுத்திகள் வெளியேற்றப்படும்போது இந்த வகையான சுற்றுச்சூழல் இழப்பு ஏற்படுகிறது. நீர்வாழ் மாசுபாடு நீர்வீழ்ச்சிகள் உட்பட நீரில் வாழும் உயிரினங்கள் மற்றும் தாவரங்களின் துன்பத்திற்கு நேரடியாக வழிவகுக்கிறது. நீர்வாழ் மாசுபாட்டின் முக்கிய ஆதாரமாக தொழில்துறை கழிவுகள், சுரங்க நடவடிக்கைகள், கழிவுநீர் மற்றும் கழிவு நீர், கடல் கழிவுகள், புதைபடிவ எரிபொருட்களை எரித்தல், தற்செயலான எண்ணெய் கசிவு, புவி வெப்பமடைதல், வளிமண்டல படிவு, நகர்ப்புற வளர்ச்சி போன்றவை அடங்கும்.