நன்னீர் உயிரியல் என்பது ஆறுகள் மற்றும் ஏரிகள், நிலத்தடி நீர், வெள்ள சமவெளிகள் மற்றும் பிற நன்னீர் சதுப்பு நிலங்கள் உட்பட உள்நாட்டு நீரின் சூழலியலின் அனைத்து அம்சங்களையும் கையாள்கிறது. இதில் நுண்ணுயிரிகள், பாசிகள், மேக்ரோபைட்டுகள், முதுகெலும்புகள், மீன்கள் மற்றும் பிற முதுகெலும்புகள், அத்துடன் முழு அமைப்புகள் மற்றும் சுற்றுச்சூழலின் தொடர்புடைய உடல் மற்றும் இரசாயன அம்சங்களைப் பற்றிய ஆய்வு ஆகியவை அடங்கும், அவை தெளிவான உயிரியல் பொருத்தத்தைக் கொண்டுள்ளன.