மரபணுக்கள் மற்றும் புரதங்களில் ஆராய்ச்சி திறந்த அணுகல்

சுருக்கம்

உதவி இனப்பெருக்க தொழில்நுட்பத்தில் உயிரியல் சோதனை சரிபார்ப்புக்கான கண்டறியும் குறிகாட்டிகளின் பயன்பாடு

நிக்கோலஸ் நஃபாட்டி1*, ஓனிசா ஐட்-அஹ்மத்1 மற்றும் சமீர் ஹமாமா1,

மருத்துவ இனப்பெருக்க ஆராய்ச்சி துறையில், உள்வைப்புக்கான சிறந்த திறன் கொண்ட கருக்களை தேர்ந்தெடுப்பது உயிரியலாளர்களுக்கு முக்கிய சவாலாக உள்ளது. பல ஆய்வுகள் Oocyte-Cumulus Cell crosstalk இல் ஈடுபட்டுள்ள மரபணுக்கள் அதிக உள்வைப்பு திறன் கொண்ட கருக்களை தேர்ந்தெடுப்பதற்கான வேட்பாளர் மரபணு குறிப்பான்களை பிரதிநிதித்துவப்படுத்தலாம் என்று கூறுகின்றன.எனவே, RT-qPCR (RT-qPCR) மூலம் 21 பயோமார்க்கர் மரபணுக்களிலிருந்து டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் சோதனைத் தரவைச் சரிபார்ப்பதே இந்த ஆய்வின் அடிப்படை நோக்கமாகும். நிகழ்நேர அளவு பாலிமரேஸ் சங்கிலி எதிர்வினை) விட்ரோ கருத்தரிப்பில் உள்ள நோயாளிகளிடமிருந்து 102 கரு/குமுலஸ் செல் மாதிரிகள். பல்வேறு ஆதாரங்களில் இருந்து (உயிரியல், தொழில்நுட்பம், முதலியன) மாறுபாடுகள் (சத்தங்கள்) காணப்பட்டதால், நம்பகமான மற்றும் வலுவான கர்ப்ப முன்கணிப்பு மாதிரியை வழங்குவதற்கு இந்த டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் தரவுகளின் திறனைப் பற்றி நியாயமான சந்தேகம் உள்ளது. எனவே, மரபணு கையொப்பத்தை பயோமார்க்கராகப் பயன்படுத்த முடியுமா என்பதைச் சரிபார்ப்பதே எங்கள் குறிக்கோள். அப்படியானால், டிரான்ஸ்கிரிப்டோம் யூகிக்கக்கூடியது மற்றும் நம்பகமான கணித மாதிரியை உருவாக்க முடியும் என்று ஒருவர் நிபந்தனை விதிக்கலாம். ஸ்டோகாஸ்டிக் மாடலிங் மல்டிபிள் லாஜிஸ்டிக் ரிக்ரஷன் (எம்.எல்.ஆர்) ஐ அடிப்படையாகக் கொண்டது, இது இருவகை மற்றும் பைனரி, கர்ப்பம் (பிஆர்) நிகழ்வின் இல்லாமை அல்லது இருப்பைக் கணிக்க இந்த மரபணு கையொப்ப திறன் பற்றிய முடிவை வழங்க போதுமானதாகத் தெரிகிறது. இந்த வேலையில், கவனிக்கப்பட்ட நிகழ்வு ஒரு சார்புடைய சீரற்ற திசையன் Y ஆல் குறிக்கப்படும், இது கர்ப்பம் ஏற்பட்டால் 1 மற்றும் இல்லையெனில் 0 மதிப்பை எடுக்கும். இந்த வெக்டரின் கணிப்பு மதிப்பு மேலே குறிப்பிட்டுள்ள மாறுபாடுகளால் தூண்டப்படும் இரைச்சலையும் (ε) சார்ந்துள்ளது. ROC (ரிசீவர் ஆப்பரேட்டிங் கேரக்டரிஸ்டிக் அளவீடு) வளைவு மற்றும் அதன் AUC (ROC வளைவின் கீழ் பகுதி), நிகழ்தகவு வாய்ப்புக் குறிகாட்டிகள், முரண்பாடுகள் விகிதம் (OR) மற்றும் இறுதியாக யூடென் இன்டெக்ஸ் (YI) போன்ற உயிரியல் கருவிகள் தோன்றும். கர்ப்பத்தை (Pr) கணிக்க பயோமார்க்கராக இந்த மரபணு கையொப்பத்தின் செல்லுபடியை சரிபார்க்க எளிய மற்றும் பயனுள்ள உயிரியல் முடிவு கருவிகள். உயிர் புள்ளியியல் காட்டி முடிவுகளின் பகுப்பாய்வு, பெறப்பட்ட முன்கணிப்பு மாதிரி பாரபட்சமற்றது என்பதைக் குறிக்கிறது, இது டிரான்ஸ்கிரிப்டோமிக் தரவுகளில் ஒரு சார்புநிலையைக் குறிக்கிறது.
ஒரு பயோமார்க்கர் ஒரு நோயை முன்கூட்டியே கண்டறிதல், நோய் தடுப்புக்கான தனிநபர்களை அடையாளம் காண்பது, சாத்தியமான மருந்து இலக்காக அல்லது மருந்து பதிலளிப்பதற்கான சாத்தியமான குறிப்பானாக பயன்படுத்தப்படலாம். ஒரு பயோமார்க்கர் மருந்தின் பயன்பாட்டை (அதனால் செலவுகள்) நோயாளிகளின் மக்கள்தொகைக்கு மட்டுப்படுத்தலாம், அங்கு மருந்து பாதுகாப்பாகவும் பயனுள்ளதாகவும் இருக்கும். வெளிப்பாட்டின் மதிப்பீட்டை மேம்படுத்தவும், சிகிச்சைக்கு எளிதில் பாதிக்கப்படக்கூடிய துணைக்குழுக்களை அடையாளம் காணவும், விளைவுகளைக் கணிக்கவும் மற்றும்/அல்லது நோய்க்கான பல்வேறு காரணங்களைக் கொண்ட துணைக்குழுக்களை வேறுபடுத்தவும் இனப்பெருக்கத்தில் ஒரு பயோமார்க்கர் பயன்படுத்தப்படலாம். பல சாத்தியமான பயன்பாடுகள் இருந்தபோதிலும், மருத்துவ பரிசோதனைகளில் நுழையும் குறைந்த எண்ணிக்கையிலான புதிய மூலக்கூறு நிறுவனங்களுடன் நேரடியாக தொடர்புடைய மூலக்கூறு பயோமார்க்ஸர்களை உருவாக்க இனப்பெருக்க உயிரியலில் குறைந்த பங்கேற்பு உள்ளது. இனப்பெருக்க மருத்துவத்தில் வேட்பாளர் குறிப்பான்களின் எண்ணிக்கை அதிகரித்து வருவதால், கண்டுபிடிப்பிலிருந்து மருத்துவப் பயன்பாடு வரையிலான வளர்ச்சியின் பாதையைப் புரிந்துகொள்வது மற்றும் பலவிதமான ஆபத்துகள் காரணமாக பெரும்பாலான சாத்தியமான குறிப்பான்கள் மருத்துவ ரீதியாக பயனுள்ளதாக இருக்காது என்பதை அங்கீகரிப்பது முக்கியம். ஒரு பயோமார்க்கருக்கு மருத்துவப் பயன்பாடு இருப்பதாக நிரூபிக்கப்படுவதற்கு முன் விரிவான சோதனை, சரிபார்ப்பு மற்றும் மாற்றம் செய்யப்பட வேண்டும். புதிய வாய்ப்புகள் மற்றும் கூட்டாண்மைகள் உள்ளன மற்றும் இனப்பெருக்கத்தில் உயிரியக்க குறிப்பான்களின் வளர்ச்சியை துரிதப்படுத்த வேண்டும். அதிக பயோமார்க்ஸர்கள் நடைமுறைக்கு நகர்த்தப்படுவதால், சிறந்த படித்த பயோமார்க்கர் நுகர்வோர் பயோமார்க்கர்(கள்) அவர்களின் சிறந்த திறனை உணரும் சாத்தியத்தை மேம்படுத்துவார்.
பயோமார்க்கரின் கண்டுபிடிப்பின் அதிகரிப்புடன், மருத்துவ மருத்துவத்தில் குறிப்பான்கள் எவ்வாறு பயன்படுத்தப்படும் என்பதற்கான கல்வி இருக்க வேண்டும். துரதிர்ஷ்டவசமாக, பொதுவாக பயோமார்க்கரின் மருத்துவப் பயன்பாட்டிற்கு எந்த முன்னுதாரணமும் இல்லை. ஒவ்வொரு பயோமார்க்கரின் பயன்பாடும் தனித்தனியாக இருக்க வேண்டும். அடிப்படை உயிரியல் செயல்முறைக்கு ஒரு பயோமார்க்கரின் இணைப்பு, குறிப்பான் மருத்துவப் பயன்பாட்டைக் கொண்டிருக்க வேண்டிய அவசியமில்லை. இருப்பினும், ஒரு மார்க்கரின் மெக்கானிக்கல் புள்ளிகளை ஒரு நிபந்தனையுடன் இணைப்பது மருத்துவ ரீதியான அதிகரிப்பை அதிகரிக்கும். மாற்றாக, ஒரு பயோமார்க்கர் ஒரு தூண்டுதல் எட்டியோலாஜிக் கோட்டில் உருவாக்கப்பட்டுள்ளது குறைபாடுகளையும் கொண்டுள்ளது. நோய்க்கான காரணவியல் அல்லது முன்னேற்றத்தின் உலகளாவிய பொறிமுறை உள்ளது என்ற தவறான அனுமானம், சிக்கலான நோய்களில் (துணை கருவுறுதல் போன்றவை) அல்லது பல்வேறு மக்கள்தொகைகளில் மோசமான பயன்பாட்டுக்கு வழிவகுக்கும். ஒரு பயோமார்க்கர் ஒரு துணைக்குழுவிற்கு மிகவும் பயனுள்ளதாக இருக்கலாம், ஆனால் அனைவருக்கும் அல்ல. எடுத்துக்காட்டாக, கிளமிடியா ஆன்டிபாடியைக் கண்டறிவது அனைத்து வகையான குழாய் நோய்களுக்கும் ஒரு நல்ல பயோமார்க் அல்ல. முட்டையின் தரமானது கிரானுலோசா செல்லின் பாராக்ரைன் மற்றும் நாளமில்லாச் செயல்பாட்டின் செயல்பாடு மட்டுமல்ல; ஒரு பெண் "குறைந்த கருப்பை இருப்பு" மற்றும் இன்னும் ஒரு சாதாரண AMH இருக்க முடியும்.
ஒரு பயோமார்க்கர் தோல்வியடைவதற்கான பொதுவான காரணம், அது நோயின் ஒரு அம்சத்துடன் தொடர்புடையதாக இருக்கலாம், ஆனால் மருத்துவ முக்கியத்துவம் வாய்ந்த அம்சம் அல்ல. வலி பொதுவான வீக்கத்துடன் தொடர்புடையதாக இல்லாவிட்டால் (அதற்குப் பதிலாக வேறு சில செயல்முறைகள்) வீக்கத்தை அடிப்படையாகக் கொண்ட எண்டோமெட்ரியோசிஸிற்கான பயோமார்க் குறைந்த மதிப்புடையதாக இருக்கலாம். மற்றொரு உதாரணம், இன் விட்ரோ கரு வளர்ச்சியின் தூண்டுதல் பயோமார்க்ஸ் ஆகும். உயிரணுப் பிரிவின் வேகம், அல்லது கருவில் உள்ள கருவின் வளர்சிதை மாற்றம், உள்வைப்புக்கு முன்னதாகவே செய்கிறது, இதனால் ஒரு பயோமார்க்கராக தகவல் தரலாம். இருப்பினும், உள்வைப்பு மற்றும் ஆரம்பகால கர்ப்பத்தின் வளர்ச்சி ஆகியவை தாய்வழி காரணிகளுடன் வலுவாக தொடர்புடையவை, அவை இன்னும் முழுமையாக புரிந்து கொள்ளப்படவில்லை. எனவே, உயிரணுப் பிரிவு மற்றும் உள்வைப்பு ஆகியவற்றுக்கு இடையேயான தொடர்பு வலுவாக இருக்கலாம், ஆனால் கரு பரிமாற்றத்திற்குப் பிறகு கருத்தரிப்பை பாதிக்கும் எண்ணற்ற மருத்துவ காரணிகளை இணைக்க போதுமானதாக இல்லை. குறைந்தபட்சம் எந்தவொரு பயோமார்க்கரின் முன்கணிப்பின் வரம்புகள் (உத்தேசிக்கப்பட்ட பயன்பாடு) சாத்தியமான பயனர்களால் தெளிவாக நிறுவப்பட்டு புரிந்து கொள்ளப்பட வேண்டும்.
முக்கிய வார்த்தைகள்: இனப்பெருக்கம்; ஓசைட்-குமுலஸ் செல்; ஜீன்-பயோமார்க்ஸ்; qPCR; மாறுபாடுகள்; கர்ப்பம்; முன்கணிப்பு மாதிரி; பயோ-ஸ்டோகாஸ்டிக்; பாரபட்சமற்ற; தகவல் இல்லாதது